碧藍航線

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原由四個勢力：白鷹、皇家、鐵血、重櫻組成的人類同盟與塞壬戰鬥，儘管組織主張「通過人類科學技術和自然力量來擊破賽壬」，但由於理念分歧，使鐵血和重櫻脫離並成立「赤色中軸」，與碧藍航線進行戰爭。

原型為第二次世界大戰的同盟國。

白鷹

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重視自由與科學的聯邦制國家，擁有雄厚的工業實力、發達的科學技術以及各勢力中最優秀的航空武器。武器的設計理念兼顧性能與數量。目前基於貫徹自身正義和為世界帶來和平的理念留在碧藍航線，在與赤色中軸和塞壬的戰鬥中有着活躍的表現。

原型是美國。

皇家

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碧藍航線世界觀中造船經驗最豐富的海洋國家，採取君主制度。在軍艦設計上致力於取得最佳的平衡性能，海軍實力雄厚，並講究禮儀，注重優雅與實力並存。皇家為了捍衛皇家的榮耀，奪回人類的制海權，目前依然留在碧藍航線陣營，參與對塞壬和赤色中軸的作戰行動。

即使原型是英國，但除此之外，遊戲中還有包括加拿大、澳大利亚、紐西蘭等大英帝國自治領（現英聯邦王國）所建造過的船艦。

東煌

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存在於東方大陸的國家，在鐵血與重櫻退出碧藍航線後新加入的國家。在海軍的發展上資歷頗淺，與相鄰的重櫻是對立關係。

原型是20世紀前半的中國。包括有清朝的北洋水師(甲午戰爭後重組版)、從辛亥革命到二戰的中華民國海軍與東北海軍、以及二戰期間由蘇聯建造，戰後讓渡給中華人民共和國海軍的船艦。

北方聯合

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存在於大陸北方的共產主義國家，提倡集體主義與對社會的貢獻，擁有堅定的目標和達成目標所需的無畏的勇氣。北方聯合將幾乎全部艦隊調往極地地區，很少參與碧藍航線陣營內的聯合行動，目前除了已知北方聯合還在極地與塞壬作戰外，其餘情報尚不明確。

原型是蘇聯，但其中有些艦船是屬於沙俄時期留下來的艦船，或者是來自他國的戰利艦。

自由鳶尾

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原是宗教國家鳶尾的海軍組織，因為反對維希教廷與鐵血融合的政策，在鳶尾分裂後歸屬碧藍航線陣營。自由鳶尾的成員原本從屬於鳶尾的海軍軍事組織“護教騎士團”，目前以重建自己的國家為目標而奮戰着。

原型是自由法國。

郁金王国

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2025年04月24日新加入的阵营，以荷兰王国为原型。

赤色中軸

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由鐵血首先獨自建立，在重櫻背離碧藍航線後組成的軍事同盟，主張「利用賽壬的力量提升人類的發展與革新來反攻賽壬」，與反對使用賽壬技術、主張應純粹使用人類的力量對抗賽壬的碧藍航線是對立狀態。

原型為第二次世界大戰的軸心國。

鐵血

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以強大軍力與高度的科學技術為主的軍事獨裁國，擁有眾多優秀的科學家，在與塞壬的戰爭中獲得了大量技術，並着眼於對這些技術的進一步開發，這使得鐵血的人工智能控制技術和生物工程技術遙遙領先於其他勢力。退出碧藍航線陣營後，鐵血一度處於消息不明的狀態，現在則是作為赤色中軸陣營的成員而活躍。因為採用賽壬技術的緣故，艦裝的外形多半呈現出了異形化的姿態。

原型是德意志第三帝國，遊戲中包括了納粹德國船艦，為了迴避歷史爭議而採用了德意志帝國的標誌。

2023年3月23日，与“重樱”类似，中国大陆服“铁血”阵营全部舰船更名，且部分舰船原名被改为禁止发送的敏感内容。

重櫻

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位於極東的君主制國家，為遊戲章節中的主要敵對方。與同樣採用塞壬技術的鐵血不同，認為塞壬的強大是來自肉體，因此揉合了自身的精靈信仰與觀念，使登場的船艦都具有獸耳、尾巴、角等人外造型。和身為海洋強國的皇家不同的是，重櫻的戰鬥經驗雖然主要還是集中在重櫻群島周邊的作戰，但以東洋神秘的力量所構成的艦隊迅速壯大了自身實力，在短時間就擁有了可以和白鷹等列強分庭抗禮的戰力。

原型是大日本帝國。

在日文版中以敵方身分登場時艦名會使用片假名標示，在中國大陸伺服器中為了迴避歷史爭議而改用單一漢字來命名，基於同理，重櫻系的艦載機原有的日章圖案都會用紅色漩渦圖案代替。

維希教廷

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從宗教國家鳶尾中所分離出的一股勢力，現在作為赤色中軸陣營的一員而活動着。維希教廷原本同樣從屬於鳶尾的海軍軍事組織“護教騎士團”。

原型是維希法國。

撒丁帝國

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悠久的歷史與絢爛的藝術，相比軍事實力，撒丁帝國對於自身的文化傳承擁有更深的自豪感。海軍軍事組織為禁衛軍。雖然元老院內部的聲音一直沒有統一，但是事實上來說，撒丁帝國已經成為了赤色中軸的一員，走向了與碧藍航線不同的方向。

以意大利王國為原型的國家。

颶風

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不屬於賽壬、碧藍航線，以及赤色中軸的陣營，陣營特色走的是海盜風。

塞壬

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遊戲中登場的全人類之敵，被重櫻登場船艦稱之為「神」的存在。人類在聯合組成碧藍航線經過漫長的戰爭才勉強將其逐出人類的生活圈外，諷刺的是因為碧藍航線的成員對其遺留的技術與戰鬥方針的不同，而放棄原先建立碧藍航線的宗旨，造成了碧藍航線分裂：鐵血與重櫻另立赤色中軸與碧藍航線的陣容展開內戰，更為諷刺的是原為敵方的賽壬正暗中觀察著兩方的爭鬥，令原本已經差的戰況更為糟糕。

META

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在2018年1月的活動「墜落之翼」的劇情中出現第一個META艦船——企業·META，但此时游戏世界观尚未完善，因此仅以“企业”称呼该角色[23]。

2019年7月的活動「箱庭療法」中，第一次出現「餘燼」一詞，但并未明示该词指代一个组织。到了2020年3月活動「微層混合」，才將「餘燼」歸類為組織，但META一詞仍未出現。2020年底「大型作戰」開放之後，才出現「META」一詞[24]。

在「大型作战」的剧情档案中，游戏介绍了META舰船的来源，当舰船的本质向着被称为「元」的方向发展时，就会让普通舰船变为META舰船[25]。舰船的心理状态发生急剧变化，或者受到一定的外界影响，都会导致这种变化。